Bonjour @Suzie ,
Quelques éléments de réponse basés sur les connaissances aquises au cours de ma rénovation d’une étable similaire (notamment la cheminée) et les discussions échangées avec des collègues artisans maçons du bâti ancien (de mon côté je suis artisan charpentier).
1 ) Concernant cette fameuse lame d’air dont vous parlez, j’ai eu l’occasion de visiter une maison en pierre rénovée dans les années 80-90 avec littéralement la technique de la boîte dans la boîte mentionnée par Médéric. Ils ont construit un cube en parpaing isolé en laine de verre + placo à l’intérieur du bâti en pierre, tout en laissant un vide (« lame d’air ») de 4-5cm entre la face intérieure du mur en pierre et leur mur en parpaing. C’est évidemment un cas extrême, mais ce que je voulais dire c’est que partant du principe que l’air est un bon isolant, certains croient encore que ce type de vide peut être isolant. Pas du tout, et cela peut même constituer un piège à vapeur d’eau et à condensation > humidité.
L’air est isolant uniquement s’il est immobile. C’est par exemple le cas dans un double vitrage dans lequel l’air (ou un gaz plus performant comme l’argon) est emprisonné entre 2 plaques de verre. En général, on considère que l’air reste immobile s’il est compris dans une lame fermée de 2cm d’épaisseur maximum. Au-delà, une circulation peut se mettre en mouvement dans la lame d’air et générer des échanges thermiques.
Pour fermer cette parenthèse sur la lame d’air, sachez que le conseiller Anah (MaPrimeRénov) avait fait remplir ce vide par du liège en vrac déversé depuis le haut des murs de la maison ! Dans ce cas il était difficile de faire mieux, c’était donc une proposition sensée mais faites attention aux propositions de votre conseiller car peu maîtrisent le bâti ancien.
On parlera aussi de lame d’air ventilée, mais celles-ci sont positionnées du côté extérieur de l’enveloppe du bâtiment et ont vocation à ventiler l’arrière d’un bardage pour en chasser l’humidité, ou à ventiler la sous-face d’une couverture notamment pour éviter la surchauffe en été.
2 ) Rejointoyer/remplir au maximum les joints et les vides d’un mur a plusieurs intérêts :
- assurer une continuité du joint de l’intérieur vers l’extérieur pour assurer la transmission, l’évacuation de vapeur d’eau par capillarité
- fermer l’accès à des habitants de type rongeurs, lézards ou insectes qui se plaisent dans ces petites poches douillettes au creux des murs et aiment les agrandir pour loger la famille
- dans une moindre mesure, assurer une descente de charges « homogène » et continue du haut en bas des murs
Vous dites que les murs seront isolés avec une finition placo, mais vous ne dites pas avec quoi ils seront isolés.
- si vous faites un enduit de 2-3 cm à la chaux pour recréer une surface d’aplomb, il est possible ensuite d’isoler avec une épaisseur de laine de bois et de faire un parement en plaque de plâtre.
- si vous optez pour une correction thermique de type chaux-chanvre (ou chaux-liège, ou terre-chanvre), vous obtiendrez une résistance moindre mais une meilleure gestion hygrométrique et donc potentiellement un meilleur ressenti.
Dans les deux cas, sauf si vous avez gratté vos joints jusqu’au milieu du mur, il n’est pas forcément nécessaire de tout rejointoyer avant de faire un enduit. La projection (manuelle/mécanique) ou le banchage de votre enduit de correction thermique peut suffire à remplir les joints par la même occasion.
IMPORTANT : avant de chercher à isoler à tout prix une maison ancienne en pierre ou en bauge, il faut d’abord faire en sorte de l’assainir du mieux possible selon que l’on choisisse une rénovation légère ou plus lourde = des bonnes bottes (drainage digne de ce nom, hérisson ventilé) + un bon chapeau (gouttières, débord de toit, pare-pluie, couverture ventilée)
En effet, avant de vouloir trop isoler une maison ancienne, il faut avant tout chercher à faire les bons choix pour la faire respirer et rendre l’atmosphère moins humide. A température égale, on ressentira beaucoup plus le froid dans un environnement trop humide que dans un environnement avec une hygrométrie correcte.
Dans tous les cas, sachant que certains de vos murs sont enterrés, il faudra sans doute avoir une approche différenciée pour vos choix sur les murs intérieurs. Et également vérifier qu’il n’y a pas de salpêtre présent sur les zones enterrées ce qui pourrait nécessiter un traitement ou un enduit spécifique.
Au final, bien que je comprenne votre souhait d’avoir des surfaces en placo à l’intérieur, je vous invite fortement à conserver à minima un des quatre murs en enduit de type chaux-chanvre + finition terre ou chanvre afin d’avoir une paroi qui a une capacité de régulation hygrométrique dans votre logement (et qui peut aussi stocker de la chaleur éventuellement).
Faites aussi attention à ne pas faire vos choix techniques juste pour rentrer dans le cadre des subventions. Je comprends que cela joue sur notre prise de décision, mais il faut parfois faire moins mais mieux.
3 ) Teinter les joints pour le pan de mur apparent de la cheminée : rien de plus simple, il suffit de récupérer la terre que vous allez gratter dans tous vos joints et de l’incorporer à votre mélange à la place d’un volume de sable (ou plus). Et oui, le « pigment » est déja sur place, il est gratuit et il aura exactement la teinte des joints existants car… c’est le matériau des joints existants depuis 100 ans que vous remettez en oeuvre pour 100 ans de plus 
NB : prenez en compte les remarques de Médéric pour les recettes de mélange, mais n’hésitez pas à vous faire confiance au fur et à mesure de votre chantier.